Wizualnie dużo na Dworcu Warszawy Wschodniej się nie zmieni. Będzie to część większego remontu linii średnicowej, w ramach którego obecnie prowadzone są prace na Warszawie Zachodniej. Dworzec zostanie odświeżony. Najważniejszym punktem jest dostosowanie do potrzeb osób z niepełnosprawnościami, w tym montaż wind i schodów ruchomych na perony.
W ramach remontu planowane jest także unowocześnienie tuneli pod stacją i budowa jednej wspólnej hali nad wszystkimi peronami, co ma zapewnić lepszą ochronę przed deszczem i wiatrem. Kolejnym etapem jest postawienie wiaduktu kolejowego nad aleją Tysiąclecia.
Roboty mają się rozpocząć latem 2025 roku, a ich zakończenie planowane jest na 2028 rok. Cały remont linii średnicowej ma zostać przeprowadzony do 2030 roku, o ile nie wystąpią opóźnienia.