Cmentarz ten, obecnie nieistniejący, znajdował się w dzielnicy Praga-Północ, za nasypami torów kolejowych wzdłuż ul. Starzyńskiego, na wysokości ulicy Namysłowskiej. Jego projektantem był inż. Henryk Sumiński, a otwarcie nastąpiło 16 listopada 1872 roku na esplanadzie fortu Śliwickiego.
Opiekę nad nekropolią sprawował Cezary Skoryna, właściciel fabryki kamieni i maszyn młyńskich przy ul. Olszowej. To właśnie on, choć w 1874 roku miasto przejęło opiekę nad cmentarzem, sam zatrudnił stróża, dbającego o porządek i zieleń. W 1876 roku na cmentarzu znajdowało się już 55 nagrobków, a ostatni pochówek choleryczny miał miejsce 8 stycznia 1883 roku.
Cmentarz choleryczny był jednym z trzech tego typu miejsc w Warszawie. Poza nim, wymienia się jeszcze cmentarz przy szpitalu św. Ducha przy ul. Długiej i cmentarz na Kępie Pólkowskiej.
Jednak w 1908 roku, w związku z budową węzła kolejowego linii Drogi Żelaznej Nadwiślańskiej, cmentarz został zlikwidowany. Szczątki zmarłych przeniesiono do zbiorowej mogiły, a na miejscu ich pochówku wzniesiono pomnik, który upamiętniał ofiary zarazy cholerycznej.
W 1909 roku powstał projekt pomnika autorstwa inż. Lubickiego, kierownika budowy węzła, sfinansowany przez władze kolejowe. Niemniej jednak, jeszcze w 1910 roku trwały dyskusje na temat dozoru nad mogiłą między kolejami a zarządem cmentarza Bródnowskiego.
Pomnik, zwieńczony krzyżem z piaskowca, otoczono ceglanym murem, który jednak z biegiem lat uległ zniszczeniu, a sam pomnik przewrócił się. Ostatnia renowacja miała miejsce przed II wojną światową.
Po 1989 roku teren cmentarza został oczyszczony przez grupę zapaleńców, a sama mogiła została wybetonowana. W 2009 roku stuletni pomnik został usunięty z powodu prac rewitalizacyjnych. PKP Polskie Linie Kolejowe, sprawująca opiekę nad terenem dawnego cmentarza, odtworzyła pomnik i otaczający go mur, wzmacniając jednocześnie fundamenty grobu.
W 2012 roku cmentarz został wpisany do rejestru zabytków, a w 2020 roku rozpoczęto prace nad budową przepustu, który ułatwi dostęp do nekropolii.
Historia cmentarza cholerycznego w Warszawie to przykład, jak ważne jest pamiętanie o tych, którzy odeszli, nawet jeśli miejsce ich pochówku przestało istnieć. To także przypomnienie, że historia może łączyć pokolenia, nawet te odległe od siebie o ponad sto lat.